В 1992 году был сделан первый набор студентов специальности «Прикладная математика» и организована кафедра «Прикладной математики». Возглавил кафедру кандидат физико-математических наук Лебедев Альберт Георгиевич.

Первыми преподавателями кафедры стали кандидаты физико-математических наук Дудник Владимир Григорьевич, Кох Александр Антонович, старшие преподаватели Ларина Нина Александровна и Докучаева Елена Павловна.

В последующие годы на кафедру приходили новые преподаватели. С 1993 по 1994 на кафедре работал Кутышкин А. В., также некоторое время работали Калашников А.В., Фокина И. В., Дылдина (Абрамова) Л. М.

В 1996 году пришел кандидат физико-математических наук Никоноров Ю. Г. В 1997-1998 пришли выпускники педуниверситета г. Барнаула Шульман И. В., Липендина Е. А., Попова Л. А. В 1997 году пришла Дудник Е. А.

Первый выпуск кафедры состоялся в 1998 г.

В 1999 приняты на работу выпускники кафедры Рассказова Н. В., Обухович Т. М. и Шипилкина Ю. В., а немного позже – Богачева О. Н. Примерно в эти же годы немного поработали на кафедре Васин Д. В., Оконечников Р.Ю., Цейзер А.В., Сигаева (Романова) И. В., Тишкова Т. П.

В 2002 году на кафедре стали работать кандидат физико-математических наук Никонорова Ю. В. и выпускница кафедры Штехман И.В. В 2006 году, сразу после защиты кандидатской диссертации пришел работать выпускник кафедры Никитенко Е. В.

В 2001 году диссертации на соискание степени кандидата физико-математических наук защитили Никонорова Ю. В. и Дудник Е. А. В 2002 году диссертацию на соискание степени доктора физико-математических наук защитил Никоноров Ю. Г. В 2005 году кандидатом педагогических наук стали Ларина Н. А., Липендина Е. А. В 2006 году защитил кандидатскую диссертацию Никитенко Е. В. В 2007 году стала кандидатом технических наук Шульман И. Б., позже Попова Л. А. – кандидатом физико-математических наук.

В 2010–2011 году кафедру пополнили еще два выпускника «Прикладной математики» Зорина Н. С. и Чебарыков М. С. В 2014 году Зорина Н. С. стала кандидатом педагогических наук.

С 2007 года кафедрой заведует кандидат физико-математических наук Дудник Евгения Александровна.

В 2010 году был сделан первый набор на направление «Информатика и вычислительная техника», а в 2014 году – первый выпуск бакалавров данного направления.

На отдельные дисциплины приглашаются лекторы из Новосибирского государственного университета и Института Математики СО РАН д. ф-м. н. проф. Демиденко Г. В.; из Барнаула – д.ф.-м.н., проф. Пышнограй Г. В., начальник ИТО РИИ АлтГТУ – Цыганков А. Н. и др. Под руководством заслуженного деятеля науки Российской Федерации, д.ф.-м.н., проф. Старостенкова М.Д. защитили 5 кандидатских диссертаций преподаватели и выпускники кафедры в его научной школе.